Femton år har gått sedan Sofia flydde från sekten på Dimön. Sektledaren Franz Oswald har inte synts till sedan dess, men när en skoningslös storm sveper över Sverige kliver han ut ur skuggorna. Han är redo att ta sin sekt ut i världen och blir med sitt nya miljömedvetande mer populär än någonsin. Bakom fasaden utövar han en grym och manipulativ tyranni som inte minst drabbar sektens barn. Två av dem är sönerna Thor och Vic som uppfostras enligt sektens teser till att bli trofasta soldater i faderns tjänst. Men ju äldre Thor blir, desto mer växer tvivlen. Vem är egentligen Franz Oswald? Och hur långt är han beredd att gå för att behålla sin makt?Sofia driver numera ett härbärge för unga människor som flytt från sekter, men det totalförstörs av stormen. Hon har lovat sig själv att aldrig mer ha någon kontakt med Franz Oswald. Det visar sig vara svårare än hon trott. Återigen korsas deras vägar i en vansinnig katt-och-råtta-lek där bara en av dem kan segra.
Sektens barn är den dramatiska upplösningen på serien om sekten ViaTerra, där makt, manipulation och våld är en del av vardagen.